Saksofonista i skrzypek jazzowy, kompozytor i aranżer, lider zespołów jazzowych. Ukończył Liceum Muzyczne i Państwową Wyższą Szkołę Muzyczną w Krakowie w klasie skrzypiec. W 1967 r., jeszcze w czasie studiów, zadebiutował jako saksofonista altowy w zespole Tomasza Stańki na Zaduszkach Jazzowych w Krakowie.

W 1968 r. wystąpił z własnym kwartetem na Studenckim Festiwalu Jazzowym „Jazz nad Odrą” we Wrocławiu, gdzie zdobył II nagrodę zespołową i II indywidualną. Rok później jego kwartet otrzymał na tym festiwalu I nagrodę zespołową, a on sam II indywidualną. W 1969 r. na festiwalu jazzowym w Nagykorös (Węgry) uznany został za najlepszego instrumentalistę. Do 1973 r. współpracował z Kwintetem Tomasza Stańki, w którym grał na saksofonie altowym i skrzypcach. Prowadził równocześnie własny kwartet w składzie: Jan Gonciarczyk – cb., Jan Jarczyk – pf., Zbigniew Seifert – alt sxf., lider, Janusz Stefański – dr.

Występował na wszystkich ważniejszych festiwalach jazzowych w kraju i Europie Zachodniej. Od 1973 r. koncertował i nagrywał za granicą, najczęściej w RFN z zespołami Alberta Mangelsdorffa, Chrisa Hinze’a, Charliego Mariano, z grupą Free Sound oraz z Joachimem Kühnem i McCoy Tynerem. Jest kompozytorem licznych tematów jazzowych, a także Koncertu na improwizujące skrzypce i orkiestrę symfoniczną, nagranego dla Norddeutscher Rundfunk w Hanowerze (RFN).

W 1976 r. nagrał pierwszy autorski LP Zbigniew Seifert: Man of the Light, który przyniósł mu światowy rozgłos. W tym samym roku wyjechał na koncerty i nagrania do USA. Ujawniona wówczas choroba nie pozwoliła mu jednak na realizację wszystkich artystycznych zamierzeń. Na Monterrey Jazz Festival w Kalifornii w 1976 r. wystąpił m.in. z Johnem Lewisem. W Nowym Jorku koncertował i nagrywał z grupą Oregon. Po krótkim pobycie w Krakowie w 1978 r. ponownie wyjechał do USA. Z grupą wybitnych jazzmanów amerykańskich, m.in. z Johnem Scofieldem, Eddiem Gomezem i Jackiem DeJohnette’em, nagrał swój dwudziesty LP Zbigniew Seifert: Passion.

Zmarł w szpitalu onkologicznym w Buffalo. W marcu 1979 r. pochowany został na cmentarzu Rakowickim w Krakowie.

W 1996 r. Poczta Polska wydała znaczek z jego podobizną w serii Polscy muzycy jazzowi oraz kopertę FDC (ang. First Day Cover – Koperta Pierwszego Dnia Obiegu) ze znaczkiem i okolicznościowym stemplem. Jego karierze poświęcone jest hasło w telewizyjnej wersji „Leksykonu Polskiej Muzyki Rozrywkowej” odcinek 136 (reż. Ryszard Wolański).