Po ukończeniu szkoły średniej tzw. Szkoły Lubelskiej, wyjechał do Warszawy, gdzie w 1927 r. na Uniwersytecie Warszawskim uzyskał dyplom magistra farmacji. Osiadł wówczas na stałe w rodzinnym mieście i podjął pracę w firmie drogeryjnej założonej przez jego ojca, Jana Magierskiego, również farmaceutę. Jednocześnie studiował chemię i stał się jednym z wysoce cenionych znawców produkcji perfum oraz ekspertem w tej dziedzinie. Po wojnie przez wiele lat był członkiem Krajowej Komisji Perfumeryjnej przy Ministerstwie Handlu.

Stanisław Magierski był wszechstronnie uzdolniony. Pisał drobne wiersze i okolicznościowe piosenki, uprawiał malarstwo akwarelowe oraz fotografię artystyczną, przy czym jego fotogramy prezentowane były na wystawach krajowych, a także zagranicznych m. in. w Birmingham, Budapeszcie, Atenach. Uzyskał także wykształcenie muzyczne. Przez wiele lat działał w Lubelskim Towarzystwie Muzycznym. Utrzymywał przyjacielskie kontakty z Władysławem Kędrą, Tadeuszem Szeligowskim, Stanisławem Szpinalskim i Arturem Malawskim, który do jego wiersza Nike z Cheroni, napisanego w 1943 r. skomponował muzykę i wydał nakładem PWM w 1957 r. Podczas okupacji bywał w jego domu również Witold Elektorowicz, który upowszechniał Kołysankę leśną w Warszawie, a po wojnie zamieścił w zbiorku Serce w plecaku.

Stanisław Jacek Magierski od pierwszych dni wojny należał do ruchu oporu. W jego mieszkaniu mieściły się punkty kontaktowe i konspiracyjne skrzynki Związku Walki Zbrojnej – Armii Krajowej. Jako farmaceuta organizował, w ramach podziemnej służby zdrowia, zaopatrzenie sanitarne dla oddziałów partyzanckich. Magazynował broń, kolportował prasę podziemną, gromadził środki opatrunkowe. U niego kwaterował przez jakiś czas dowódca „Kedywu” Janusz Nawrat ps. „Lucjan” – „Nowakowski”, zastępca dowódcy oddziału „Przepiórki” Jan Stobnicki ps. „Murzyn” oraz zbiegły z Oświęcimia komunista Aleksander Pietrzak. Tu także mieściła się okresowo kwatera „Nerwy”. Żona Stanisława Magierskiego, Danuta, pełniła w tym czasie funkcję zastępczyni Wojskowej Służby Kobiet przy Komendzie Okręgu Armii Krajowej, była też ostatnią komendantką konspiracyjnej Chorągwi Harcerstwa Żeńskiego w Lublinie.

W tym tętniącym działalnością podziemną domu wiele miejsca poświęcano muzyce. Odbywały się koncerty konspiracyjne, w czasie których „Jacek II” grał również własne utwory. Prócz Kołysanki leśnej skomponował ich kilka, m. in. Na polance błyszczy rosa (dla oddziału partyzanckiego „Nerwy”), Modlitwa, Marsz i Czemu tak łzy ronisz do słów Kornela Makuszyńskiego. Piosenka Zawołanie, skomponowana do słów E. Wojciechowskiego, dotarła w tubie od pasty do zębów, aż do Ravensbrück i była tam śpiewana przez więźniarki. W jego powojennym dorobku znalazły się pieśni do słów Or-Ota, Jabłoneczka do słów Romana Brandstaettera, jak również Kwiaciarka, Menuet, Walczyk i Pan Hilary do tekstów własnych. Wiele utworów muzycznych skomponował także dla teatralnego zespołu amatorskiego „Latarnia”, który przez wiele lat po wojnie działał przy Chemiczno-Farmaceutycznej Spółdzielni Pracy „Permedia”. Stanisław Magierski był również dziennikarzem. Recenzje z koncertów w Filharmonii Lubelskiej drukował na łamach prasy miejscowej i w czasopiśmie „Muzyka”. Za działalność w Ruchu Oporu został odznaczony Srebrnym Krzyżem Zasługi z Mieczami.